Para ler o arquivo MANIFEST.MF em tempo de execução que se localiza dentro de um JAR é só executar o seguinte código passando o caminho para a variável jarFile:
[sourcecode language=”java”] try (InputStream stream = new BufferedInputStream(new FileInputStream(
jarFile));
JarFile jar = new JarFile(stream)) {
Manifest mf = jar.getManifest();
Map<String, Attributes> entries = mf.getEntries();
// Realizar operações
}[/sourcecode]
No Map entries, você terá os atributos do arquivo MANIFEST.MF e no mf.getMainAttributes() você tem os atributos principais.